膜的三大污染及浓差极化现象均存在一个累积过程。膜系统在正常运行的过程中，定期进行水力冲洗，对于减弱与缓解膜污染起着重要的作用。对预处理工艺相对包若的中小型系统，水力冲洗的效果尤为明显。

所谓水力中西式停止系统的正常膜过程，而进行专门膜冲洗程序。水力冲洗又分正向冲洗与反向冲洗两种方式。正向冲洗（简称正洗）是采用原液以低压大流量方式冲刷污染的，以浓差极化、膜表面的污染物及滤饼层；反向冲洗（简称反洗）是采用透过液以高压大流量方式冲刷污染的膜孔，以浓差极化、膜孔中的污染物及滤饼层。正洗的工艺简单、消耗损耗小，但冲洗效果较差；反洗的工艺复杂。损耗大，但冲洗效果较好。

针对轻度膜污染，可以采用水力冲洗方式加以。水力冲洗工艺中还存在冲洗的频率、时间、压力、流量等冲洗工艺参数。正洗时流量是主要参数，而反洗时压力是主要参数。全量过滤运行方式下孔膜的频繁正反洗是不可或缺的。错流过滤运行方式下有孔膜的正反洗频率相对较低。冲洗的时间与冲洗效果直接影响着系统的工作效率，而决定冲洗频率的主要是系统给水水质。系统的运行方式及系统运行参数等因素。错流运行方式下的冲洗水可以回用，而全量过滤运行方式下的冲洗水一般排放。

超滤、微滤等有孔膜清洗过程中，可在反洗之前先对膜进行正向施加正向气压，而后再施加反向水压，以利于从膜面上大面积剥离滤饼层，该工艺称为“正压气冲洗”。由于复合膜的复合层与基层的连接较弱，复合膜结构一般不适合反洗。